助けを呼ぶ声に導かれ鉱山遺跡に入ったトーマは、そこで拘束されたリリィに出会った。不法侵入者扱いされたトーマは、あやうく処分されそうになるが、リリィから授けられた強大な力によって難を逃れる。

管理局に追われる身となったトーマとリリィ。その旅の途中、ルヴェラの町に立ち寄った彼らは、アイシスという少女に出会う。訳ありの2人に興味をもった彼女は、トーマたちの旅にいつの間にか同行する。

トーマの前に現われたヴェイロンの目的は、トーマの手にするディバイダーとリアクター。ヴェイロンの入れ墨から自分の故郷を壊した相手ではないかといぶかしむトーマは、真実を知るために彼との戦いに挑む。

自分の故郷を壊滅させた犯人と同じ入れ墨をもっていた、ヴェイロンに怒りの炎を燃やすトーマ。その激情のまま、ヴェイロンとの戦闘へと突入するも、ひどいダメージを負ってしまう。だが異常なスピードで傷が回復し、自身の体に戸惑いを見せる。

ヴェイロンとの激しい戦闘の後、辛くも危機は脱したものの、高熱を発してダウンしてしまうトーマ。アイシスが別行動を取っている間、リリィは必死にトーマの看病を行なっていた。そして、2人の前にフッケバイン第2の戦士・サイファーが姿を現わす。

発作に襲われるトーマと片時もそばを離れないリリィ。2人の前で、シグナム＆アギトとサイファーとの激戦が繰り広げられる。サイファーは謎めいたことばばかりをリリィに投げかけた。やや押され気味のサイファーだったが、彼女には切り札が!?

謎の発作に襲われるトーマとリリィ・アイシスの前で繰り広げられる、シグナム・アギトVSサイファーの激戦。ユニゾンによって優勢に立つシグナムたちだったが、対するサイファーはEC兵器（エクリプス）を起動、「世界を殺す猛毒」が目を覚ます。

捜査中に駆けつけたシグナムとアギトは、フッケバインの剣士・サイファーによって倒されてしまう。トーマたち３人はアルナージに捕獲され、アジトに連行される。特務六課では、ついに高町なのはに出動要請が下り……。

トーマたち３人はフッケバインの本拠地である飛空艇内へと連行される。メンバーたちによって明らかにされるトーマの病状、リリィの正体、そして……。フッケバインに対し、特務六課も主砲二人による攻撃を開始した！

トーマたちが捕らわれた飛空艇フッケバインは、追跡してきた特務六課の攻撃を受ける。なのは・ヴィータによる攻撃の後、完全武装のフェイト・スバル・エリオが艦内に突入。対峙する両勢力、そして、トーマたちは……。

特務六課の制圧部隊は飛空艇フッケバインに突入。迎え撃つメンバーたちとの間で激戦が繰り広げられる。混乱の中でアイシスは謎の能力を発揮、トーマとリリィの救助に向かった。しかしトーマも「ディバイドゼロ・エクリプス」を放ち、全員の生命活動を分断する。立ち上がろうとするスバルの前に現われたのは、変わりはてた姿のトーマだった。

トーマたちが捕らわれた飛空艇フッケバインを攻撃する特務六課。フェイト・スバル・エリオとフッケバインのメンバーたちが激闘を繰り広げる中、トーマが撃った「ディバイドゼロ・エクリプス」が全員の動きを止め……。

戦闘のさなか、高々度から身を投げた主人公・トーマ。彼を救うべく各陣営から急行する高町なのは・アイシス・アルナージだったが、トーマの持つ銀十字の書による自動攻撃と空中戦を経て、なのはがトーマに到達し……。

トーマと再会したなのはは、やむなく新兵器・フォートレスによる攻撃を開始。しかし、EC感染によりほぼ不死身と化しているトーマを相手に苦戦する。２人に追いついたアイシス、アルナージとの間の乱戦となるが……。

アルナージの猛攻を前に、ついにアイシスがその能力を発揮。爆薬によってアルナージの攻撃を無効化したばかりか、直接攻撃によって逆に窮地に陥れる。しかし、怪力を誇るドゥビルの助けによりアイシスは戦闘停止、続いてその矛先はトーマと対峙している最中のなのはへと向かう。間一髪でなのはのピンチを救ったのは、フェイトだった。

銀十字の書に阻まれつつも、トーマ救出のため攻撃を続けるフォートレス装備のなのは。一方、飛空艇フッケバインに対しても、司令・八神はやてみずから氷結魔法「ヘイムダル」による重量攻撃に乗り出す。だが突如現われたフッケバイン首領・カレンの手により倒されるはやて。フッケバインが一時撤退するなか、ついにスバルも出撃し……。

スバルとフェイト、そして戦線に復帰したアイシスの助勢により、暴走するトーマを阻止できたかのように見えたなのは。しかし、トーマを操る銀十字の書は、なおも攻撃と離脱を続けようとしていた。銀十字の書は、あくまでトーマの身を守るために自動的に作動していたのだ。リリィはみずからの役割を思い出し、銀十字の書の元へと……。

リアクターとしての役割を思い出し、制御不能に陥っていた「銀十字の書」を停止させて、トーマを救ったリリィ。管理局は、トーマのエクリプス感染治療のため、またアイシスに事情聴取のために３人を保護する。一方、カレンは管理局と対立しながらの共存を意図していた。そして、カレドヴルフ社の最新鋭端末の存在が明らかとなり……。

時空管理局に保護されたトーマたちは、事情聴取と感染の治療を受けていた。秘密だったアイシスの正体が明かされるひと幕もありつつ、３人は見習いとして起用されることに。なのははさっそく教導官魂を刺激され……。一方、フッケバイン首領・カレンは新たな指示を下す。それは９型ディバイダーとシュトロゼックに関係する企業だった。

フッケバインは「シュトロゼック」シリーズをつくり出した兵器メーカーのヴァンデイン・コーポレーションを襲撃。"偽物"たちの居場所を突きとめた。カレンははやてに、管理局の不介入を要求するメッセージを送る。一方、特務六課の見習いとなったトーマはノーヴェやティアナ、ウェンディと再会、スバルに「ただいま」を告げたのだった。

かつてフッケバイン首領・カレンによって倒されたシグナムが意識を取り戻す中、トーマたちは見習いとして本格的に特務六課の活動に参加することに。エリオ、キャロと再会をはたしてなのはとヴィータが監督する訓練に臨むが、そこには体力自慢のアイシスすら驚くほどの過酷な準備運動が待っていた……。そして今、実戦練習が始まる！

「銀十字の書」の暴走から解放されたトーマとリリィ、アイシスは管理局 特務六課の隊員見習いとして平穏な日々を送っていた。しかし、フッケバイン首領・カレンからときおりメッセージが送りつけられてトーマは戸惑う。そんな中、フッケバイン一家との戦闘で負傷したシグナムが六課に復帰。なぜか突然、トーマたちと模擬戦に突入……。はやてたちが一連の事件への対策を練る一方で、謎を秘めたあの男が動き始めた。

管理局特務六課の隊員見習いとなったトーマとリリィ、アイシス。特務六課に配置されることになった人型の機械端末「ラプター」の運用テストを行っていたトーマのもとに、フッケバインのサイファーから通信が届く。その内容とは、新たなエクリプス感染者によるラプター強奪計画だった。ラプターをめぐって、特務六課の戦いが幕を開けようとしていた。

ラプター強奪計画に対し、シグナムの指揮のもと警戒を固める特務六課の面々。だがその警備をあざ笑うかのように「グレンデル一家」を名乗る謎の男・カートが襲いかかる。グレンデル一家の攻勢にラプターとトーマ、加勢したエリオまでもがピンチにおちいる中、トーマの前に予告どおりフッケバインのサイファーが現れた……！

グレンデル一家の奇襲を許した特務六課。トーマの前に現われたフッケバインのサイファーはトーマに対し戦いのレクチャーを行いながら、グレンデル一家の剣士クインを圧倒する。ラプターを強奪し逃亡するグレンデル一家を捕らえるべく六課の増援もぞくぞく到着。そして、サイファーの前には隊長・シグナムが立ちふさがる！

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